Detail View - Data AccessID 38
General Information
Manuscript title | Modeling and simulation of the main metabolism in Escherichia coli and its several single-gene knockout mutants with experimental verification. |
PubMed ID | 21092096 |
Journal | Microbial Cell Factories |
Year | 2010 |
Authors | Tuty AA Kadir, Ahmad A Mannan, Andrzej M Kierzek, Johnjoe McFadden and Kazuyuki Shimizu |
Affiliations | Department of Bioscience and Bioinformatics, Kyushu Institute of Technology, Iizuka, Japan |
Keywords | Specific Growth Rate, Flux Balance Analysis, Oxidative Pentose Phosphate Pathway, Main Metabolic Pathway, Isotopomer Distribution |
Full text article | Kadir_2010.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Escherichia coli |
Strain | K-12 BW25113 and ppc, pyk mutants |
Data type | time-series data of metabolites |
Data units | g/L |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | batch | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | — | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | M9 sythetic medium: 48 mM Na2HPO4, 22 mM KH2PO4, 10 mM NaCl, 40 mM (NH4)zSO4 and 4 g/l of glucose. Components filter-sterilized separatory and then added (per liter of final volume): 1 ml 1 M MgSO4, 1 ml vitamin B1 (1 mgl stock), 1 ml 0.1 mM CaCl2, and 10 ml trace element solution containing (per liter): 0.55g CaCl2 1g FeCl3, 0.1 mg/l MnCl2.4H2O, 0.17 g ZnCl2, 0.043 g CuCl2.2H2O, 0.06 g CoCl2.2H2O, and 0.06 g Na2MoO4.2H2O). |
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General protocol information |
Sampling method:
5ml from the culture broth Quenching procedure: 15ml of 60% (v/v) aqueous methanol containing 70mM HEPES at -80ºC Extraction technique: enzymatic, perchloric acid Sample analyzing method: enzymatic |
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Methods description - Notes | Cells were separated from the culture by centrifugation at 10,000 ×g for 15 min at 0°C. To extract intracellular metabolites from the cell pellet, 500 ml of 50% methanol was added, and the cells were re-suspended by vortexing the mixture. Then 2 ml of 35% of perchloric acid ... was added, which was pre-cooled on ice, and vortexed again for 10 s. After one freeze-thaw cycle, proteins and cell fragments were removed by centrifugation at 12,000 ×g for 30 min at 0°C. Clear suparnatant was neutralized by adding collected supernatant, and then 895 μm of 5 M K2KO3 was added. Precipitated perchlorates were removed by another centrifugation step (12,000 ×g at 0°C for 10 min), the clear supernatant was collected, and they were stored as 200 μm aliquots at -20°C for analysis. Read more |
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Data file |
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Cite Data EntryID 38
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 38 (Escherichia coli). https://doi.org/10.34619/2gtb-se09
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 38 (Escherichia coli)." 2024, https://doi.org/10.34619/2gtb-se09
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 38 (Escherichia coli). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/2gtb-se09
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID38,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 38 (Escherichia coli)",
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note = "[Online; accessed 12-October-2024]"
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Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2013-04-24 14:37:13 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:29 UTC
Version: 1
Status: (reviewed) 2013-12-06 17:17:38 UTC
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Associated Models
Here we can find relevant models associated with Data EntryID 38:
Model EntryID |
Model name | Category | Model Type | Data used for | Access | Json |
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16 | glycolysis Escherichia coli model | Metabolism | ordinary differential equations | Model validation | {"id":16,"organism_id":38,"comments":"","sbml_file_name":"Kadir_2010.pdf","article_file_name":null,"category":"Metabolism","used_for":"---\n- Model validation\n","model_type":"ordinary differential equations","pubmed_id":"21092096","dilution_rate":"—","name_of_model":"glycolysis Escherichia coli model","manuscript_title":"Modeling and simulation of the main metabolism in Escherichia coli and its several single-gene knockout mutants with experimental verification.","authors":"Tuty AA Kadir, Ahmad A Mannan, Andrzej M Kierzek, Johnjoe McFadden and Kazuyuki Shimizu","journal":"Microbial Cell Factories","affiliation":"Department of Bioscience and Bioinformatics, Kyushu Institute of Technology, Iizuka, Fukuoka 820-8502, Japan","project_name":"","biomodels_id":"","keywords":"Escherichia coli, single-gene knockouts, main central metabolism and TCA","software":"http://www.matlab.com (MATLAB)","control":"2018-07-21T20:34:09.507Z","main_organism":"Escherichia coli","year":2010,"combine_archive_file_name":null,"combine_archive_content_type":null,"combine_archive_file_size":null,"combine_archive_updated_at":null,"review_journal_id":null,"doi":null} Administrator KiMoSys | |
38 | E. coli Central Carbon Metabolism | Metabolism | ordinary differential equations | Model building and Model validation | {"id":38,"organism_id":null,"comments":"MATLAB version of the model is available at http://www.cadlive.jp/cadlive_main/Softwares/KineticModel/Ecolimetabolism.html. ","sbml_file_name":"Jahan_2016.pdf","article_file_name":null,"category":"Metabolism","used_for":"---\n- Model building\n- Model validation\n","model_type":"ordinary differential equations","pubmed_id":"27329289","dilution_rate":"0.2, 0.4, 0.5 and 0.7","name_of_model":"E. coli Central Carbon Metabolism","manuscript_title":"Development of an accurate kinetic model for the central carbon metabolism of Escherichia coli","authors":"Nusrat Jahan, Kazuhiro Maeda, Yu Matsuoka, Yurie Sugimoto and Hiroyuki Kurata","journal":"Microbial Cell Factories","affiliation":"Department of Bioscience and Bioinformatics, Kyushu Institute of Technology, 680‑4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka 820‑8502, Japan","project_name":"","biomodels_id":"","keywords":"Systems biology, Rational design, Dynamic model, Enzyme kinetics, Transcription factor, Signal transduction, Allosteric enzyme","software":"MATLAB2007 or higher","control":"2018-07-20T16:47:46.311Z","main_organism":"Escherichia coli","year":2016,"combine_archive_file_name":"COMBINE_KIMOMODELID38.omex","combine_archive_content_type":"application/octet-stream","combine_archive_file_size":6603649,"combine_archive_updated_at":"2018-07-23T21:38:00.461Z","review_journal_id":null,"doi":null} Administrator KiMoSys | |
45 | Batch kinetic model of Escherichia coli | Metabolism | ordinary differential equations | Model building | {"id":45,"organism_id":null,"comments":"Kinetic model source: http://www.cadlive.jp/cadlive_main/Softwares/KineticModel/Ecolimetabolism.html.","sbml_file_name":"Kurata_2018.pdf","article_file_name":null,"category":"Metabolism","used_for":"---\n- Model building\n","model_type":"ordinary differential equations","pubmed_id":"29054464","dilution_rate":"—","name_of_model":"Batch kinetic model of Escherichia coli","manuscript_title":"Improved kinetic model of Escherichia coli central carbon metabolism in batch and continuous cultures","authors":"Hiroyuki Kurata and Yurie Sugimoto","journal":"Journal of Bioscience and Bioengineering","affiliation":"Department of Bioscience and Bioinformatics, Kyushu Institute of Technology, 680 -4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka 820 -8502, Japan","project_name":"","biomodels_id":"","keywords":"Kinetic model, Synthetic biology, Central carbon metabolism, Dynamic simulation, Escherichia coli","software":"MATLAB (MathWorks)","control":null,"main_organism":"Escherichia coli","year":2018,"combine_archive_file_name":null,"combine_archive_content_type":null,"combine_archive_file_size":null,"combine_archive_updated_at":null,"review_journal_id":null,"doi":null} Administrator KiMoSys |
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