Detail View - Data AccessID 106
General Information
Manuscript title | Analysis of Escherichia coli Anaplerotic Metabolism and Its Regulation Mechanisms From the Metabolic Responses to Altered Dilution Rates and Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Knockout. |
PubMed ID | 12966569 |
Journal | Biotechnology and Bioengineering |
Year | 2003 |
Authors | Yang C, Hua Q, Baba T, Mori H, Shimizu K |
Affiliations | Metabolome Unit, Institute for Advanced Biosciences, Keio University, Tsuruoka 997-0017, Japan. |
Keywords | Escherichia coli; metabolic flux; 13C labeling; anaplerotic reaction; phosphoenolpyruvate carboxykinase; in vivo regulation |
Full text article | Yang2003.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Escherichia coli |
Strain | W3110 and pck mutant |
Data type | flux measurements |
Data units | (mmol/g-dry cell weight/h) |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | chemostat | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | 0.1, 0.32, 0.55 (WT ) and 0.1 (pck) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | see worksheet. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Medium containing (per liter): 5.0 g of glucose, 1.0 g of NH4Cl, 2.7 g of (NH4)2SO4,6.8gofNa2HPO4,3.0gofKH2PO4, 0.6 g of NaCl, 0.2 g ofMgSO4 7H2O, 1.0 µg of thiamine HCl, 2.0 µL of polypropylene glycol 2000 as an antiform agent, and 10 mL of trace element solution [1]. |
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General protocol information |
Flux analysis method:
13C constrained MFA Platform: NMR |
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Methods description - Notes | MFA analysis: The carbon flux distribution in the bioreaction network was determined as a best fit to all extracellular flux measurements, the macromolecular biomass composition, and the relative intensities of the 13C-13C scalar coupling multiplets of the aforementioned 47
...
carbon positions of aminoacids and glycerol determined by 2D [13C,1H]-COSY. Theflux quantification was performed by a least-squares parameter fitting approach in the mathematical framework. Exchanges fluxes viareversible reactions were quantitatively considered in the flux calculations. Initially, the isotopomer balances of all metabolites in the bioreaction network are calculated from a random initial flux distribution. Relative 13C multiplet intensities are then simulated from this isotopomer distribution and compared to the experimental values. The quality of the fit was judged by the X2 (error) value. Multiple calculations were performed from different random starting points, and the best solution that was reproducibly attained was presented as the estimated result of flux distribution. A statistical error analysis of the estimated fluxes was included in the calculations. Moreover, the flux estimates were compared with the results of flux ratio analysis, since both methods employed are very different and thus flux ratio analysis can serve as an independent verification of the flux estimates. In addition, the calculation of the flux distribution in the pck deletion mutant was performed without any constraint on the flux through PEP carboxykinase.
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Data file |
KIMODATAID106_v1.xlsx
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Cite Data EntryID 106
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, November 21). Data EntryID 106 (Escherichia coli). https://doi.org/10.34619/x28q-1x57
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 106 (Escherichia coli)." 2024, https://doi.org/10.34619/x28q-1x57
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 106 (Escherichia coli). [online], [Accessed 21 November 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/x28q-1x57
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID106,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
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note = "[Online; accessed 21-November-2024]"
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Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-21 16:52:41 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:36 UTC
Version: 1
Status: (reviewed) 2018-07-21 16:56:08 UTC
Views: 336
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Model EntryID |
Model name | Category | Model Type | Data used for | Access | Json |
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16 | glycolysis Escherichia coli model | Metabolism | ordinary differential equations | Model validation | {"id":16,"organism_id":38,"comments":"","sbml_file_name":"Kadir_2010.pdf","article_file_name":null,"category":"Metabolism","used_for":"---\n- Model validation\n","model_type":"ordinary differential equations","pubmed_id":"21092096","dilution_rate":"—","name_of_model":"glycolysis Escherichia coli model","manuscript_title":"Modeling and simulation of the main metabolism in Escherichia coli and its several single-gene knockout mutants with experimental verification.","authors":"Tuty AA Kadir, Ahmad A Mannan, Andrzej M Kierzek, Johnjoe McFadden and Kazuyuki Shimizu","journal":"Microbial Cell Factories","affiliation":"Department of Bioscience and Bioinformatics, Kyushu Institute of Technology, Iizuka, Fukuoka 820-8502, Japan","project_name":"","biomodels_id":"","keywords":"Escherichia coli, single-gene knockouts, main central metabolism and TCA","software":"http://www.matlab.com (MATLAB)","control":"2018-07-21T20:34:09.507Z","main_organism":"Escherichia coli","year":2010,"combine_archive_file_name":null,"combine_archive_content_type":null,"combine_archive_file_size":null,"combine_archive_updated_at":null,"review_journal_id":null,"doi":null} Administrator KiMoSys |
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