Detail View - Data AccessID 103
General Information
Manuscript title | Effect of a single-gene knockout on the metabolic regulation in Escherichia coli for D-lactate production under microaerobic condition. |
PubMed ID | 15781419 |
Journal | Metabolic Engineering |
Year | 2005 |
Authors | Jiangfeng Zhu, Kazuyuki Shimizu |
Affiliations | Department of Biochemical Engineering & Science, Kyushu Institute of Technology, Iizuka, Fukuoka 820-8502, Japan |
Keywords | Escherichia coli, Enzyme activity, Metabolite concentration, Metabolic flux analysis, Lactate production, Pyruvate metabolism |
Full text article | Zhu_2005.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Escherichia coli |
Strain | BW25113, pflA, pta, ppc, adhE and pykF mutants |
Data type | metabolites at steady-state |
Data units | mM/g DCW |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | batch | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | — | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 1.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | Cell dry weight was determined by measuring the optical density at 600 nm. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Reactor medium was a minimal medium containing (per liter) 2 g of Na2SO4, 2.5 g of (NH4)2SO4, 0.5 g of NH4Cl, 7.3 g of K2HPO4, 3.6 g of NaH2PO4. The following components were sterilized by passing through a 0.2 μm pore-size filter (per liter of final medium): 3 ml of 1 M MgSO4, and 3 ml trace element solution containing (per liter) 0.5 g of CaCl2·H2O, 0.18 g of ZnSO4·7H2O, 0.1 g of MnSO4·H2O, 21.1 g of Na2EDTA, 16.7 g of FeCl3·6H2O, 0.16 g of CuSO4·5H2O and 0.18 g of CoCl2·6H2O. Glucose was used as a carbon source and the initial concentration was about 10 g/L. |
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General protocol information |
Sampling method:
About 10 ml of the culture broth was quickly taken as the sample, and immediately injected into 40 ml of pre-cooled 60% methanol. The mixture was kept at −20 °C. Quenching procedure: The quenched samples were centrifuged at 10,000×g at a temperature of −15 °C for 10 min. The pellets were kept at −20 °C for 30 min and then lyophilized. The dried biomass was kept in a −20 °C freezer for further processing. Extraction technique: perchloric acid, boiling ethanol Sample analyzing method: enzymatic |
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Methods description - Notes | Intracellular metabolites except NADH and NADPH were extracted by perchloric acid in ethanol. The extract was placed on ice-bath for 10 min and then neutralized with K2CO3. Then, the cell debris and KClO4 were removed by centrifugation [1]. For NADH measurement, alkaline ext
...
raction was utilized, and acid extraction method was used for other metabolite measurements. Nucleotides concentrations were measured according to [1]. The concentrations of glucose 6-phosphate (G6P), fructose 1,6-bisphosphate (FDP), phosphoenolpyruvate (PEP) and pyruvate (PYR) were measured according to [2]. The concentration of acetyl coenzyme A (AcCoA) was measured following to [3], and ATP, ADP, AMP as well as NAD+ were measured based on [4,5]. --------------------------------------------------References----------------------------------------
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Data file |
KIMODATAID103_v1.xlsx
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Cite Data EntryID 103
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 103 (Escherichia coli). https://doi.org/10.34619/3xrc-9n56
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 103 (Escherichia coli)." 2024, https://doi.org/10.34619/3xrc-9n56
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 103 (Escherichia coli). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/3xrc-9n56
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID103,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 103 (Escherichia coli)",
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note = "[Online; accessed 12-October-2024]"
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Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-20 14:51:02 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:36 UTC
Version: 1
Status: (reviewed) 2018-07-20 14:53:30 UTC
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