Detail View - Data AccessID 107
General Information
Manuscript title | Metabolic flux analysis of pykF gene knockout Escherichia coli based on 13C-labeling experiments together with measurements of enzyme activities and intracellular metabolite concentrations. |
PubMed ID | 12802531 |
Journal | Appl Micriobiol Biotechnology |
Year | 2004 |
Authors | Al Zaid Siddiquee K, Arauzo-Bravo MJ, Shimizu K. |
Affiliations | Department of Biochemical Engineering and Science, Kyushu Institute of Technology,Iizuka, 820–8502 Fukuoka, Japan |
Keywords | Dilution Ratem Intracellular Metabolite, Metabolic Flux Analysis, Oxidative Pentose Phosphate Pathway, Proteinogenic Amino Acid |
Full text article | no file uploaded |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Escherichia coli |
Strain | BW25113 and pyk mutant |
Data type | flux measurements |
Data units | (mmol/g-dry cell weight/h) |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | chemostat | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | 0.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | see worksheet. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Minimal medium consisting of 5 g glucose per liter, 48 mM Na2HPO4,22mMKH2PO4, 10 mM NaCl, and40 mM (NH4)SO4, was used. For minimal medium, the following components were filter-sterilized separately and then added (per liter of final volume): 1 ml 1 M MgSO4, 1 ml 0.1 mM CaCl2, 1ml vitamin B1 (1 mg/l stock) and 10 ml trace element solution containing (per liter): 0.55 g CaCl2, 1 g FeCl3, 0.1 g MnCl2·4H2O, 0.17 g ZnCl2, 0.043 g CuCl2·2H2O, 0.06 g CoCl2·2H2O, and 0.06 g Na2MoO4·2H2O. |
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General protocol information |
Flux analysis method:
13C constrained MFA Platform: NMR, GC-MS |
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Methods description - Notes | The isotopomer balance systems were described using isotopomer mapping matrices [1] and solved through an iterative scheme, based on the approach of [1]. The isotopomers of the proteinogenic amino acids were used to generate NMR synthetic patterns. For the representation of
...
the metabolic fluxes, the forward v and backward v fluxes associated with each bidirectional reaction step were transformed into a net v [2]. A non-linear mapping from exchange fluxes to exchange coefficients v exch[0,1] was made to overcome the numerical problems arising from very large parameters values [3]. Please see more details in the original publication. -----------------------------------References------------------------------
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Data file |
KIMODATAID107_v1.xlsx
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Alternative format(s) |
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Cite Data EntryID 107
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 107 (Escherichia coli). https://doi.org/10.34619/v4p3-2g68
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 107 (Escherichia coli)." 2024, https://doi.org/10.34619/v4p3-2g68
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 107 (Escherichia coli). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/v4p3-2g68
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID107,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
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note = "[Online; accessed 12-October-2024]"
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Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-21 20:09:18 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:36 UTC
Version: 1
Status: (reviewed) 2018-07-21 20:19:41 UTC
Views: 320
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Here we can find relevant models associated with Data EntryID 107:
Model EntryID |
Model name | Category | Model Type | Data used for | Access | Json |
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16 | glycolysis Escherichia coli model | Metabolism | ordinary differential equations | Model validation | {"id":16,"organism_id":38,"comments":"","sbml_file_name":"Kadir_2010.pdf","article_file_name":null,"category":"Metabolism","used_for":"---\n- Model validation\n","model_type":"ordinary differential equations","pubmed_id":"21092096","dilution_rate":"—","name_of_model":"glycolysis Escherichia coli model","manuscript_title":"Modeling and simulation of the main metabolism in Escherichia coli and its several single-gene knockout mutants with experimental verification.","authors":"Tuty AA Kadir, Ahmad A Mannan, Andrzej M Kierzek, Johnjoe McFadden and Kazuyuki Shimizu","journal":"Microbial Cell Factories","affiliation":"Department of Bioscience and Bioinformatics, Kyushu Institute of Technology, Iizuka, Fukuoka 820-8502, Japan","project_name":"","biomodels_id":"","keywords":"Escherichia coli, single-gene knockouts, main central metabolism and TCA","software":"http://www.matlab.com (MATLAB)","control":"2018-07-21T20:34:09.507Z","main_organism":"Escherichia coli","year":2010,"combine_archive_file_name":null,"combine_archive_content_type":null,"combine_archive_file_size":null,"combine_archive_updated_at":null,"review_journal_id":null,"doi":null} Administrator KiMoSys |
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