Detail View - Data AccessID 101
General Information
Manuscript title | Effect of a single-gene knockout on the metabolic regulation in Escherichia coli for D-lactate production under microaerobic condition. |
PubMed ID | 15781419 |
Journal | Metabolic Engineering |
Year | 2005 |
Authors | Jiangfeng Zhu, Kazuyuki Shimizu |
Affiliations | Department of Biochemical Engineering & Science, Kyushu Institute of Technology, Iizuka, Fukuoka 820-8502, Japan |
Keywords | Escherichia coli, Enzyme activity, Metabolite concentration, Metabolic flux analysis, Lactate production, Pyruvate metabolism |
Full text article | Zhu_2005.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Escherichia coli |
Strain | BW25113, pflA, pta, ppc, adhE and pykF mutants |
Data type | metabolites at steady-state |
Data units | yield on glucose (g/g)% |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | batch | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | — | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 1.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | See worksheet for the different strains. Cell dry weight was determined by measuring the optical density at 600 nm. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Reactor medium was a minimal medium containing (per liter) 2 g of Na2SO4, 2.5 g of (NH4)2SO4, 0.5 g of NH4Cl, 7.3 g of K2HPO4, 3.6 g of NaH2PO4. The following components were sterilized by passing through a 0.2 μm pore-size filter (per liter of final medium): 3 ml of 1 M MgSO4, and 3 ml trace element solution containing (per liter) 0.5 g of CaCl2·H2O, 0.18 g of ZnSO4·7H2O, 0.1 g of MnSO4·H2O, 21.1 g of Na2EDTA, 16.7 g of FeCl3·6H2O, 0.16 g of CuSO4·5H2O and 0.18 g of CoCl2·6H2O. Glucose was used as a carbon source and the initial concentration was about 10 g/L. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
General protocol information |
Sampling method:
Samples were centrifuged for 10 min at 4 °C and 6000×g to remove the cells for extracellular metabolite analysis. Quenching procedure: — Extraction technique: not used Sample analyzing method: enzymatic |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Methods description - Notes | The concentrations of D-lactate, acetate, formate and succinate were measured using capillary electrophoresis (CE) (Agilent, Germany). |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Data file |
KIMODATAID101_v1.xlsx
Preview file
Preview file KIMODATAID101_v1.xlsx
GraphLoading...
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative format(s) |
no file uploaded | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Export metadata |
RDF:
metadataDataEntryID101.rdf
XML: metadataDataEntryID101.xml Plain text: metadataDataEntryID101.txt |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cite Data EntryID 101
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 101 (Escherichia coli). https://doi.org/10.34619/tnq8-4n54
|
|
MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 101 (Escherichia coli)." 2024, https://doi.org/10.34619/tnq8-4n54
|
|
ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 101 (Escherichia coli). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/tnq8-4n54
|
|
BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID101,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 101 (Escherichia coli)",
url = https://doi.org/10.34619/tnq8-4n54",
doi = "10.34619/tnq8-4n54",
note = "[Online; accessed 12-October-2024]"
}
|
Related Data: AccessID 30 | AccessID 35 | AccessID 38 | AccessID 41 | AccessID 44 | AccessID 51 | AccessID 52 | AccessID 54 | AccessID 63 | AccessID 64 | AccessID 65 | AccessID 67 | AccessID 68 | AccessID 74 | AccessID 75 | AccessID 78 | AccessID 79 | AccessID 80 | AccessID 86 | AccessID 87 | AccessID 92 | AccessID 96 | AccessID 102 | AccessID 103 | AccessID 104 | AccessID 105 | AccessID 106 | AccessID 107 | AccessID 108 | AccessID 109 | AccessID 110 | AccessID 112 | AccessID 116 | AccessID 118 | AccessID 119 | AccessID 125 | AccessID 126
Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-19 14:32:27 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:36 UTC
Version: 1
Status: (reviewed) 2018-07-19 14:34:40 UTC
Views: 262
Downloads: 90
Associated Models
Here we can find relevant models associated with Data EntryID 101:
Model EntryID |
Model name | Category | Model Type | Data used for | Access | Json |
---|---|---|---|---|---|---|
40 | E. coli redox regulation model | Metabolism | ordinary differential equations | Model building and Model validation | {"id":40,"organism_id":null,"comments":"Kinetic model source: http://www.cadlive.jp/cadlive_main/Softwares/KineticModel/Ecolimetabolism.html.","sbml_file_name":"Matsuoka_2017.pdf","article_file_name":null,"category":"Metabolism","used_for":"---\n- Model building\n- Model validation\n","model_type":"ordinary differential equations","pubmed_id":"28725263","dilution_rate":"—","name_of_model":"E. coli redox regulation model","manuscript_title":"Modeling and simulation of the redox regulation of the metabolism in Escherichia coli at different oxygen concentrations.","authors":"Yu Matsuoka and Hiroyuki Kurata","journal":"Biotechnology for Biofuels","affiliation":" Department of Bioscience and Bioinformatics, Kyushu Institute of Technology, 680 -4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka 820 -8502, Japan","project_name":"","biomodels_id":"","keywords":"Kinetic modeling, Fermentation, Dissolved oxygen limitation, Redox regulation, ArcA, Fnr, Respiratory chain, NADH/NAD+ ratio, Escherichia coli ","software":"MATLAB (MathWorks) was used for all simulations.","control":"2018-07-20T16:25:00.495Z","main_organism":"Escherichia coli","year":2017,"combine_archive_file_name":null,"combine_archive_content_type":null,"combine_archive_file_size":null,"combine_archive_updated_at":null,"review_journal_id":null,"doi":null} Administrator KiMoSys |
Associate models to data
- Several models can be associated.