Detail View - Data AccessID 112
General Information
Manuscript title | Analysis of Escherichia coli Anaplerotic Metabolism and Its Regulation Mechanisms From the Metabolic Responses to Altered Dilution Rates and Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Knockout. |
PubMed ID | 12966569 |
Journal | Biotechnology and Bioengineering |
Year | 2003 |
Authors | Yang C, Hua Q, Baba T, Mori H, Shimizu K |
Affiliations | Metabolome Unit, Institute for Advanced Biosciences, Keio University, Tsuruoka 997-0017, Japan. |
Keywords | Escherichia coli; metabolic flux; 13C labeling; anaplerotic reaction; phosphoenolpyruvate carboxykinase; in vivo regulation |
Full text article | Yang2003.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Escherichia coli |
Strain | W3110 and pck mutant |
Data type | metabolites at steady-state |
Data units | mM |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | chemostat | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | 0.1, 0.32, 0.55 (WT ) and 0.1 (pck) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 1.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | Yield glu,X (g/g) = 0.40 ± 0.02 (D = 0.1h-1), 0.44 ± 0.02 (D = 0.32h-1) and 0.48 ± 0.03 (D = 0.55h-1) for WT; 0.46 ± 0.02 (D = 0.1h-1) for pck | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Medium containing (per liter): 5.0 g of glucose, 1.0 g of NH4Cl, 2.7 g of (NH4)2SO4,6.8gofNa2HPO4,3.0gofKH2PO4, 0.6 g of NaCl, 0.2 g ofMgSO4 7H2O, 1.0 µg of thiamine HCl, 2.0 µL of polypropylene glycol 2000 as an antiform agent, and 10 mL of trace element solution [6]. |
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General protocol information |
Sampling method:
not described Quenching procedure: To rapidly quench the cell metabolism, 5 mL of culture suspension was cooled to 0°C in a −50°C methanol bath within 15–20 s. Cells were separated from the culture medium by centrifugation, and resuspended in cold 100% methanol immediately. Extraction technique: chloroform Sample analyzing method: enzymatic |
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Methods description - Notes | To rapidly quench the cell metabolism, 5 mL of culture suspension was cooled to 0°C in a −50°C methanol bath within 15–20 s. Cells were separated from the culture medium by centrifugation, and resuspended in cold 100% methanol immediately. Intracellular metabolites were extr
...
acted by addition of cold chloroform at neutral pH based on the method of de Koning and van Dam [1]. This extraction method ensured minimal degradation of labile metabolites. After extraction, the aqueous phase was carefully collected, dried, and resuspended in MiliQ water. Shortly before the determination of metabolite concentrations, the cell extracts were filtered through a 0.2 m-poresize filter to remove possible small precipitates. The samples were stored for up to 5 days at −20°C for further analysis. The unstable metabolites (e.g., acetyl-CoA and oxaloacetate) were determined within 6 h after the extracts were obtained. Enzymatic determinations of the intracellular metabolites were performed on a microplate spectrofluorometer (SPECTRAmax GEMINI XS), following the changes in NAD(P)H fluorescence at the 355, 460-nm wavelength pair. The volume of the assay mixture was 200 L. The concentrations of fructose 1,6-bisphosphate, 3-phosphoglycerate, PEP, pyruvate, acetyl-CoA, isocitrate, L-malate, -ketoglutarate, oxaloacetate, L-aspartate, and adenine nucleotide (ATP and ADP) in the extracts were measured according to published protocols [2, 3, 4] with some modifications (such as the reduction of analytical volume). The value of the specific cell volume used for calculation of the intracellular concentrations was 1.77 L mgDW−1 [5]. All the intracellular concentrations were presented as the average of at least three measurements, with the corresponding standard deviation. ----------------------------------References--------------------------------------
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Data file |
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Cite Data EntryID 112
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 112 (Escherichia coli). https://doi.org/10.34619/qzt2-vk49
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 112 (Escherichia coli)." 2024, https://doi.org/10.34619/qzt2-vk49
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 112 (Escherichia coli). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/qzt2-vk49
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID112,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 112 (Escherichia coli)",
url = https://doi.org/10.34619/qzt2-vk49",
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note = "[Online; accessed 12-October-2024]"
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Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-31 15:50:28 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:36 UTC
Version: 0
Status: (reviewed) 2018-07-31 15:51:08 UTC
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