Detail View - Data AccessID 78
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General Information
| Manuscript title | Metabolic flux analysis in a nonstationary system: fed-batch fermentation of a high yielding strain of E. coli producing 1,3-propanediol. |
| PubMed ID | 17400499 |
| Journal | Metabolic Engineering |
| Year | 2007 |
| Authors | Maciek R. Antoniewicz, David F. Kraynie, Lisa A. Laffend, Joanna González-Lergier, Joanne K. Kelleher and Gregory Stephanopoulos |
| Affiliations | Department of Chemical Engineering, Bioinformatics and Metabolic Engineering Laboratory, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge |
| Keywords | E. coli, extracelullar metabolites, HPLC |
| Full text article |
Antoniewicz_2007.pdf
|
| Project name | not specified |
Experiment Description
| Organism | Escherichia coli |
| Strain | K-12 overproduce 1,3-propanediol |
| Data type | time-series data of metabolites |
| Data units | mM |
| Execution date | not specified |
Experimental Details
| Temperature (°C) | 34.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pH | 6.8 ± 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Carbon source | glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Culture mode | fed-batch | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Process condition | aerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Dilution rate (h⁻¹) | — | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Working volume (L) | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biomass concentration (g/L) | 3.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Medium composition | Defined medium contained (per liter): 2.8g KH2PO4, 2.0 g citric acid monohydrate, 1.1 g MgSO4·7H2O, 0.2 g FeSO4·7H2O, 0.2 g CaCl2·2H2O, 0.5 g Yeast Extract (BBL), 1 mL Balch’s Modified Trace Metals (100x), 0.5 mL sulfuric acid (98%), 1.5 mL phosphoric acid (85%), 0.4 mL Mazu DF204 antifoam, appropriate vitamin B12, and 2 mL spectinomycin (50 mg/mL). |
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| General protocol information |
Sampling method:
Periodically taken during the fed-batch Quenching procedure: — Extraction technique: not used Sample analyzing method: HPLC-UV/RI |
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| Methods description - Notes | Concentrations of glucose, glycerol, 1,3-propanediol (PDO), acetate, citrate, and pyruvate in the medium samples were measured by high-performance liquid chromatography (Waters HPLC, Shodex SH1011 sugar column, RI detector). |
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| Data file |
 KIMODATAID78_v0.xlsx
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| Alternative format(s) |
KIMODATAID78_metabolites_timeseries.csv
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| Export metadata |
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XML: metadataDataEntryID78.xml Plain text: metadataDataEntryID78.txt |
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Cite Data EntryID 78
| APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 31). Data EntryID 78 (Escherichia coli). https://doi.org/10.34619/2j9t-rp92
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| MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 78 (Escherichia coli)." 2025, https://doi.org/10.34619/2j9t-rp92
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| ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 78 (Escherichia coli). [online], [Accessed 31 October 2025]. Available from: https://doi.org/10.34619/2j9t-rp92
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| BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID78,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 78 (Escherichia coli)",
url = https://doi.org/10.34619/2j9t-rp92",
doi = "10.34619/2j9t-rp92",
note = "[Online; accessed 31-October-2025]"
}
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Submission and curation
Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2013-07-05 14:28:29 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:34 UTC
Version: 0
Status: (reviewed) 2013-12-06 17:17:38 UTC
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