Detail View - Data AccessID 111
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General Information
| Manuscript title | Time-dependent regulation of yeast glycolysis upon nitrogen starvation depends on cell history. |
| PubMed ID | 20232995 |
| Journal | IET Systems Biology |
| Year | 2010 |
| Authors | van Eunen K, Dool P, Canelas AB, Kiewiet J, Bouwman J, van Gulik WM, Westerhoff HV, Bakker BM |
| Affiliations | Vrije Universiteit Amsterdam, Department of Molecular Cell Physiology, Amsterdam, The Netherlands. |
| Keywords | yeast, glycolysis, glucose-limited chemostat, nitrogen starvation |
| Full text article |
vanEunen_2010.pdf
|
| Project name | not specified |
Experiment Description
| Organism | Saccharomyces cerevisiae |
| Strain | CEN.PK113-7D |
| Data type | metabolites at steady-state |
| Data units | mM |
| Execution date | not specified |
Experimental Details
| Temperature (°C) | 30 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pH | 5.0 ± 0.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Carbon source | glucose | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Culture mode | chemostat | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Process condition | aerobic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Dilution rate (h⁻¹) | 0.1 and 0.35 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Working volume (L) | 1.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biomass concentration (g/L) | Yieldglu,X (g/g) = 0.45 ± 0.02 (D = 0.1h-1) and 0.29 ± 0.01 (D = 0.35h-1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Medium composition | Defined mineral medium [1] in which glucose (42 mM) was the growth-limiting nutrient. |
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| General protocol information |
Sampling method:
Samples were taken 15 min after the start of the fermentative capacity assay to the protocol described by Canelas et al. [2]. Quenching procedure: Quenching and washing of the sample was done with 100% and 80% (v/v) methanol/water, respectively, at -40ºC. Extraction technique: boiling ethanol Sample analyzing method: LC-ESI-MS |
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| Methods description - Notes | Intracellular metabolite extraction was carried out using the boiling ethanol method [3], as described in Lange et al. [4]. U-13C-labelled cell extract was added to the pellets just before the extraction, as internal standard. Sample concentration was accomplished by evapora
...
tion under vacuum, as described by Mashego et al. [5]. The concentrations of the intracellular metabolites were determined by electrospray-ionisation liquid-chromatography mass spectrometry/mass spectrometry (ESI-LC-MS/MS) [6] and the quantification was based on isotope dilution mass spectrometry (IDMS) [5, 7]. Adenosine triphosphate (ATP), adenosine diphosphate (ADP) and adenosine monophosphate (AMP) were analysed by ion-pairing reversed-phase ESI-LC-MS/MS as described in [8]. ---------------------------------------References--------------------------------------
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| Data file |
 KIMODATAID111_v1.xlsx
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| Alternative format(s) |
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Cite Data EntryID 111
| APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, December 22). Data EntryID 111 (Saccharomyces cerevisiae). https://doi.org/10.34619/wfa0-da34
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| MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 111 (Saccharomyces cerevisiae)." 2024, https://doi.org/10.34619/wfa0-da34
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| ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 111 (Saccharomyces cerevisiae). [online], [Accessed 22 December 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/wfa0-da34
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| BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID111,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 111 (Saccharomyces cerevisiae)",
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note = "[Online; accessed 22-December-2024]"
}
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Related Data: AccessID 61 | AccessID 62 | AccessID 69 | AccessID 70 | AccessID 93 | AccessID 97 | AccessID 98 | AccessID 99 | AccessID 100 | AccessID 115 | AccessID 117 | AccessID 120 | AccessID 121 | AccessID 122 | AccessID 123 | AccessID 124 | AccessID 128
Submission and curation
Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-30 14:53:24 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:36 UTC
Version: 1
Status: (reviewed) 2018-07-30 14:58:34 UTC
Views: 228
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| Model EntryID |
Model name | Category | Model Type | Data used for | Access | Json |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 46 | vanEunen2012 - Yeast Glycolysis (glucose upshift) | Metabolism | ordinary differential equations | Model building and Model validation |  |
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