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» Data AccessID 111 » Model AccessID 46
Detail View - Model AccessID 46
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General Information
| Manuscript title | Testing Biochemistry Revisited: How In Vivo Metabolism Can Be Understood from In Vitro Enzyme Kinetics |
| PubMed ID | 22570597 |
| Journal | PLoS Computational Biology |
| Year | 2012 |
| Authors | Karen van Eunen, José A. L. Kiewiet, Hans V. Westerhoff, Barbara M. Bakker |
| Affiliations | Department of Molecular Cell Physiology, VU University Amsterdam, Amsterdam, The Netherlands |
| Keywords | yeast glycolysis, In Vivo and in Vitro Enzyme Kinetics, computational model |
| Full text article |
vanEunen_2012.pdf
|
| Project name | not specified |
| Data used for | Model building and Model validation |
Model Information
| Model name | vanEunen2012 - Yeast Glycolysis (glucose upshift) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Organism | Saccharomyces cerevisiae | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Model type | ordinary differential equations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Category | Metabolism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of reactions | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of species | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of regulators | not specified | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of parameters | 88 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number of compartments | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Dilution rate (h-1) | — | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Model file(s) and history |
LATEST MODEL1403250001.xml
(2018-07-30 22:00:51 UTC
by Administrator KiMoSysFirst name: AdministratorAffiliation: INESC-ID/IST Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data ) Preview Preview file MODEL1403250001.xml
Simulation of MODEL1403250001.xml |
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| Notes |
Original model source: in BioModels database.
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| Software | MATLAB (MathWorks) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BioModels or JWS Online ID | BIOMD1403250001 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Export metadata |
RDF:
metadataModelEntryID46.rdf
XML: metadataModelEntryID46.xml Plain text: metadataModelEntryID46.txt |
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species_2
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Cite Model EntryID 46
Cite Model EntryID 46
| APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2018, April 6). Model EntryID 46 (Saccharomyces cerevisiae). https://kimosys.org/repository/111/associated_models/46
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| MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Model EntryID 46 (Saccharomyces cerevisiae)." 2025, kimosys.org/repository/111/associated_models/46.
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| ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Model EntryID 46 (Saccharomyces cerevisiae). [online], [Accessed 6 April 2025]. Available from: https://kimosys.org/repository/111/associated_models/46
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| BibTeX |
@misc{ KiMoSysModelEntryID46,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Model EntryID 46 (Saccharomyces cerevisiae)",
url = "https://kimosys.org/repository/111/associated_models/46",
note = "[Online; accessed 6-April-2025]"
}
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Related Model(s): AccessID 28 | AccessID 39
Submission and curation
Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-30 22:00:51 UTC
Updated: 2018-07-30 22:06:01 UTC
Version: 0
Status: (reviewed) 2018-07-30 22:05:01 UTC
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