Detail View - Data AccessID 69
General Information
Manuscript title | Characterization of glucose transport mutants of Saccharomyces cerevisiae during a nutritional upshift reveals a correlation between metabolite levels and glycolytic flux. |
PubMed ID | 18042231 |
Journal | FEMS Yeast Research |
Year | 2008 |
Authors | Daniel Bosch, Mikael Johansson, Cecilia Ferndahl, Carl Johan Franzén, Christer Larsson and Lena Gustafsson |
Affiliations | Molecular Biotechnology and Chemical reaction Engineering, Department of Chemical and Biological Engineering, Chalmers University of Technology, Goeteborg, Sweden |
Keywords | Saccharomyces cerevisiae, extracellular, metabolites, glucose and fructose pulse |
Full text article | Bosch_2008.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Saccharomyces cerevisiae |
Strain | CEN.PK2-1C (W.T.), HXT1, HXT7 and TM6 |
Data type | time-series data of metabolites |
Data units | (mM) |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 30.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | ethanol | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | chemostat | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | 0.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 2.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | correlation of OD with biomass: 0.486 gDW/L OD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | defined medium with 5 g/L glucose |
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General protocol information |
Sampling method:
duplicate samples of 1ml each were steril filtered (0.22 µm), frozen in liquid N2 and stored at -20 ºC. Quenching procedure: — Extraction technique: not used Sample analyzing method: enzymatic |
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Methods description - Notes | Extracellular metabolites: glucose, ethanol and glycerol were performed using enzymatic combination kits (Boehringer-Mannheim GmbH, Mannheim, Germany). |
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Data file |
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Alternative format(s) |
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Cite Data EntryID 69
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 69 (Saccharomyces cerevisiae). https://doi.org/10.34619/rt41-rr71
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 69 (Saccharomyces cerevisiae)." 2024, https://doi.org/10.34619/rt41-rr71
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 69 (Saccharomyces cerevisiae). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/rt41-rr71
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID69,
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Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2013-06-21 09:14:42 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:33 UTC
Version: 1
Status: (reviewed) 2013-12-06 17:17:38 UTC
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28 | Model for respiro-fermentative growth on glucose | Metabolism | ordinary differential equations | Model building | {"id":28,"organism_id":69,"comments":"","sbml_file_name":"Bosch_2008.pdf","article_file_name":null,"category":"Metabolism","used_for":"---\n- Model building\n","model_type":"ordinary differential equations","pubmed_id":"18042231","dilution_rate":"—","name_of_model":"Model for respiro-fermentative growth on glucose","manuscript_title":"Characterization of glucose transport mutants of Saccharomyces cerevisiae during a nutritional upshift reveals a correlation between metabolite levels and glycolytic flux.","authors":"Daniel Bosch, Mikael Johansson, Cecilia Ferndahl, Carl Johan Franzén, Christer Larsson and Lena Gustafsson","journal":"FEMS Yeast Research","affiliation":"Molecular Biotechnology and Chemical reaction Engineering, Department of Chemical and Biological Engineering, Chalmers University of Technology, Goeteborg, Sweden","project_name":"","biomodels_id":"","keywords":"fitting, glucose pulse, Saccharomyce cerevisae, respiro-fermentative growth on glucose,","software":"http://www.matlab.com (MATLAB)","control":"2014-04-11T17:42:47.759Z","main_organism":"Saccharomyces cerevisiae","year":2008,"combine_archive_file_name":null,"combine_archive_content_type":null,"combine_archive_file_size":null,"combine_archive_updated_at":null,"review_journal_id":null,"doi":null} Administrator KiMoSys |
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