Detail View - Data AccessID 120
General Information
Manuscript title | Metabolome, transcriptome and metabolic flux analysis of arabinose fermentation by engineered Saccharomyces cerevisiae |
PubMed ID | 20816840 |
Journal | Metabolic Engineering |
Year | 2010 |
Authors | H. Wouter Wisselink, Chiara Cipollina, Bart Oud, BarbaraCrimi, Joseph J. Heijnen, Jack T. Pronk, Antonius J.A.van Maris |
Affiliations | Department of Biotechnology, Delft University of Technology, Julianalaan 67, 2628 BC Delft, The Netherlands. |
Keywords | Saccharomyces cerevisiae, Evolutionary engineering, Arabinose, Transcriptomics, Metabolomics, Metabolic flux ana |
Full text article | Wisselink_2010.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Saccharomyces cerevisiae |
Strain | IMS0001 and IMS0002 |
Data type | metabolites at steady-state |
Data units | mmol/[gDW] |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose and arabinose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | chemostat | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | anaerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | Biomass yield (g g−1) = 0.066±0.001 (IMS0001, Glucose), 0.072±0.003 (IMS0002, Glucose) and 0.075±0.001 (IMS0002, Arabinose) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Cultures were performed in MY supplemented with 0.01 g l−1 ergosterol and 0.42 g l−1 Tween 80 dissolved in ethanol, silicon antifoam, vitamin solution and trace elements [5], and 20 g l−1 glucose (MYG) or arabinose (MYA). |
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General protocol information |
Sampling method:
Sampling and sample preparation for analysis of intracellular metabolite concentrations was carried out as previously described in [1]. Quenching procedure: 1 ml of broth was rapidly quenched in 5 ml of −40 °C 60% (vol/vol) aqueous methanol. After centrifugation (2000g, −20 °C, 5 min), the pellet was resuspended in 5 ml of −40 °C 60% (vol/vol) aqueous methanol and centrifuged again. Extraction technique: boiling ethanol Sample analyzing method: GC-MS, LC-ESI-MS |
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Methods description - Notes | All data were obtained by LC-MS/MS analysis ,except for GAP and DHAP which were measured by GC–MS [2]. Concentrations of G6P, F6P, T6P, G1P, F1,6BP, PYR, 2,3PG, PEP and the TCA cycle intermediates FUM, SUC, MAL, OXG and CIT in the cell extracts were analyzed by liquid chrom
...
atography-electrospray ionization-tandem mass spectrometry (LC-ESI-MS/MS) according to [3]. Intracellular concentrations of the PPP intermediates R5P, RBU5P, X5P, S7P, E4P, and RBU, GAP and DHAP were determined with a recently described GC-IDMS method [2]. Intracellular concentrations of adenine nucleotides (AMP, ADP and ATP) were quantified by LC-ESI-MS/MS [4]. ----------------------------------References--------------------------------------
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Data file |
KIMODATAID120_v2.xlsx
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Cite Data EntryID 120
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 120 (Saccharomyces cerevisiae). https://doi.org/10.34619/9n86-re89
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 120 (Saccharomyces cerevisiae)." 2024, https://doi.org/10.34619/9n86-re89
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 120 (Saccharomyces cerevisiae). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/9n86-re89
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID120,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 120 (Saccharomyces cerevisiae)",
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note = "[Online; accessed 12-October-2024]"
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Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-08-27 21:00:50 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:37 UTC
Version: 2
Status: (reviewed) 2018-08-27 21:05:37 UTC
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