Detail View - Data AccessID 98
General Information
Manuscript title | Global analysis of protein expression in yeast. |
PubMed ID | 14562106 |
Journal | Nature |
Year | 2003 |
Authors | Sina Ghaemmaghami, Won-Ki Huh, Kiowa Bower, Russell W. Howson, Archana Belle, Noah Dephoure, Erin K. O'Shea & Jonathan S. Weissman |
Affiliations | Howard Hughes Medical Institute, University of California–San Francisco, San Francisco, California 94143-2240, USA |
Keywords | yeast, protein expression, S. cerevisiae |
Full text article | Ghaemmaghami_2003.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Saccharomyces cerevisiae |
Strain | TAP-tagged strain |
Data type | enzyme/protein concentrations |
Data units | molecules/cell |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | chemostat | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | — | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 0.0017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | OD of ~0.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | YEPD media. |
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General protocol information |
Measurement method:
LC-MS/MS |
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Methods description - Notes | Extract preparation and quantification of protein levels: Cultures (1.7 ml) of tagged strains were grown in 96-well format to log phase, and total cell
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Data file |
KIMODATAID98_v0.xlsx
Preview file
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Alternative format(s) |
no file uploaded | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Export metadata |
RDF:
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XML: metadataDataEntryID98.xml Plain text: metadataDataEntryID98.txt |
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Cite Data EntryID 98
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 98 (Saccharomyces cerevisiae). https://doi.org/10.34619/m32r-1q02
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 98 (Saccharomyces cerevisiae)." 2024, https://doi.org/10.34619/m32r-1q02
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 98 (Saccharomyces cerevisiae). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/m32r-1q02
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID98,
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Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-16 15:29:11 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:35 UTC
Version: 0
Status: (reviewed) 2018-07-16 15:29:45 UTC
Views: 267
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Here we can find relevant models associated with Data EntryID 98:
Model EntryID |
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39 | smallbone18 | Metabolism | ordinary differential equations | Model validation | {"id":39,"organism_id":null,"comments":"Original model source: in JWS online database.","sbml_file_name":"Smallbone_2013.pdf","article_file_name":null,"category":"Metabolism","used_for":"---\n- Model validation\n","model_type":"ordinary differential equations","pubmed_id":"23831062","dilution_rate":"","name_of_model":"smallbone18","manuscript_title":"A model of yeast glycolysis based on a consistent kinetic characterisation of all its enzymes.","authors":"Kieran Smallbone, Hanan L. Messiha, Kathleen M. Carroll, Catherine L. Winder, Naglis Malys, Warwick B. Dunn, Ettore Murabito, Neil Swainston, Joseph O. Dada, Farid Khan, Pınar Pir, Evangelos Simeonidis, Irena Spasić, Jill Wishart, Dieter Weichart, Neil W.","journal":"FEBS Letters","affiliation":"Manchester Centre for Integrative Systems Biology, Manchester Institute of Biotechnology, The University of Manchester, UK","project_name":"","biomodels_id":"smallbone18","keywords":"Glycolysis, Systems biology, Enzyme kinetic, Isoenzyme, Modelling","software":"Copasi (www.copasi.org)","control":null,"main_organism":"Saccharomyces cerevisiae","year":2013,"combine_archive_file_name":null,"combine_archive_content_type":null,"combine_archive_file_size":null,"combine_archive_updated_at":null,"review_journal_id":null,"doi":null} Administrator KiMoSys |
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