Detail View - Data AccessID 94
General Information
Manuscript title | Metabolic Fluxes during Strong Carbon Catabolite Repression by Malate in Bacillus subtilis. |
PubMed ID | 19917605 |
Journal | The Journal of Biological Chemistry |
Year | 2009 |
Authors | Roelco J. Kleijn, Joerg M. Buescher, Ludovic Le Chat, Matthieu Jules, Stephane Aymerich and Uwe Sauer |
Affiliations | Institute of Molecular System Biology, ETH Zurich, CH-8093 Zurich, Switzerland |
Keywords | Metabolism, Metabolism/Gluconeogenesis, Metabolism/Intermediary, Metabolism/Regulation, Metabolism/Tricarboxylic Acid Cycle, Methods/Mass Spectrometry, flux analysis, metabolomics |
Full text article | Kleijn_2010.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Bacillus subtilis |
Strain | Wild-type BSB168 trp+ |
Data type | metabolites at steady-state |
Data units | mM |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | not specified | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose, glucose + malate, malate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | batch | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 0.03 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | M9 minimal medium (per liter): 8.5 g of Na2HPO4.2H20, 3 g of KH2PO4, 1 g of NH4Cl, 0.5 g of NaCl. The following components were sterilized separately and then added (per liter of final medium): 1 ml of 0.1 m CaCl2.2H2O, 1 ml of 1 m MgSO4.7H2O, 1 ml of 50 mm FeCl3.6H2O, and 10 ml of trace salt solution. The trace salts solution contained (per liter): 170 mg of ZnCl2, 100 mg of MnCl2.4H2O, 60.0 mg of CoCl2.6H2O, 60.0 mg of Na2MoO4.2H2O, and 43.0 mg CuCl2.2H2O. When preparing the medium, the base salts were added first followed by CalCl2, MgSO4, FeCl3, and finally the trace elements. |
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General protocol information |
Sampling method:
Liquid culture was grown to OD650 of ~0.1, at which time it was transferred to filter culture as follows: for each filter culture, 5 mL of liquid culture was passed through an 82mm diameter round nylon filter and placed cell-side up onto a agarose plate Quenching procedure: rapid centrifugation method where 1 ml of culture broth was transferred into a 1.5-ml tube and centrifuged for 15 s at 14,000×g in a tabletop centrifuge. The supernatant was decanted, and the pellet was frozen in liquid nitrogen. Extraction technique: hot ethanol Sample analyzing method: LC-MS, GC-TOF |
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Methods description - Notes | GC-TOF Workflow: Dried aliquots were derivatized with 15 μl of either TMS-reagent (N-methyl-N-(trimethylsilyl)trifluoroacetamide, Fluka, Buchs, Switzerland) or TBDMS reagent (N-tert-butyldimethylsilyl-N-methyltrifluoroacetamide, Fluka), and aliquots of 5 μl were injected int
...
o a 30-m GC column (HP-5-MS, 30 m × 0.25 mm × 0.25 μm, Agilent) using a CIS4 injector (Gerstel, Mülheim an der Ruhr, Germany) and solvent venting. Derivatized metabolites were detected on a Pegasus 3D TOF mass spectrometer (Leco), with an acquisition rate of 40 Hz. Peak detection and assignment were performed with ChromaTOF software (Version 2.32, Leco). Liquid Chromatography-MS/MS Workflow: Dry metabolite extracts were resuspended in 100 μl of water, 8 μl of which were injected on a Agilent 1100 series HPLC stack with a Synergi Hydro RP 2.1 × 150 × 4 column (Phenomenex, Aschaffenburg, Germany). Metabolites were detected using a 4000 QTRAP mass spectrometer (AB/MDS Sciex, Concord, Canada) operated in tandem MS mode with unit mass resolution. Analyst software (Version 1.4.2, AB/MDS Sciex) was used for both acquisition and integration. Ion spray voltage, auxiliary gas temperature, nebulizer gas, auxiliary gas, curtain gas, and collision gas were set to −4200 V, 650 °C, and 65, 40, 10, 4 (arbitrary units), respectively.
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Data file |
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Cite Data EntryID 94
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 94 (Bacillus subtilis). https://doi.org/10.34619/y0mr-bg52
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 94 (Bacillus subtilis)." 2024, https://doi.org/10.34619/y0mr-bg52
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 94 (Bacillus subtilis). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/y0mr-bg52
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID94,
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note = "[Online; accessed 12-October-2024]"
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Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-09 16:17:27 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:35 UTC
Version: 2
Status: (reviewed) 2018-07-09 16:17:31 UTC
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