Detail View - Data AccessID 113
General Information
Manuscript title | Development of quantitative metabolomics for Pichia pastoris. |
PubMed ID | 22448155 |
Journal | Metabolomics |
Year | 2012 |
Authors | Marc Carnicer, Andre B. Canelas, Angela ten Pierick, Zhen Zeng, Jan van Dam, Joan Albiol, Pau Ferrer, Joseph J. Heijnen, Walter van Gulik |
Affiliations | Department of Chemical Engineering, Universitat Autonoma de Barcelona, 08193 Bellaterra (Cerdanyola del Valle`s), Spain |
Keywords | Pichia pastoris, Metabolite quantification, Quenching, Chemostat |
Full text article | Carnicer_2012.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Pichia pastoris |
Strain | X-33 |
Data type | metabolites at steady-state |
Data units | µmol/gDCW |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | 5.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | chemostat | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | 0.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | 4.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | ≈ 4.5 g/l | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Derived from previously described media [1]. The composition of the batch medium was: 8 g/l glycerol, 0.9 g/l citric acid monohydrate, 12.6 g/l (NH4)2HPO4, 0.5 g/l MgSO4 7H20, 1.5 g/l KH2PO4, 0.02 g/l CaCl2 2H20, 5 ml/l trace salt solution, 2 ml/l Biotin solution (0.2 g/l). The composition of the chemostat medium was: 8.80 g/l glucose monohydrate, 0.92 g/l citric acid monohydrate, 2 g/l (NH4)2HPO4, 0.3 g/l MgSO4 7H20, 1.4 g/l KH2PO4, 0.01 g/l CaCl2 2H20, 0.5 ml/l trace salt solution, 0.3 ml/l Biotin (0.2 g/l). The trace salts solution was the same as described previously [1]. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
General protocol information |
Sampling method:
samples for intracellular metabolite analysis were taken using a dedicated rapid-sampling setup [2]. Quenching procedure: approximately, 0.63 ± 0.01 g of broth was rapidly withdrawn and immediately injected in 5 ml of precooled quenching solution. Extraction technique: hot ethanol Sample analyzing method: GC-MS, LC-ESI-MS |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Methods description - Notes | Sampling: The tubes were quickly mixed by vortexing and introduced in the filtration unit after weighting the tube [3]. All sampling tubes were weighted before and after the sampling procedure in order to determine the exact amount of sample taken. Briefly, the cell suspensi
...
ons were filtered with membrane disk filters (Pall Corporation, East Hills, NY, USA, 47 mm diameter, 0.45 lm pore size) using a vacuum pump. A washing step was performed to remove as much extracellular metabolites as possible. Samples from the culture filtrate (CF) and the complete culture broth (WB) were withdrawn and further processed as described earlier [4]. Metabolite analysis: Metabolite quantification was carried out with LC–ESI–MS/MS and GC–MS based isotope dilution mass spectrometry (IDMS) [5]. Each sample was analyzed in duplicate. The amount of each metabolite was quantified in different sample fractions, that is, in whole broth (WB), quenched/
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Data file |
KIMODATAID113_v0.xlsx
Preview file
Preview file KIMODATAID113_v0.xlsx
GraphLoading...
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alternative format(s) |
no file uploaded | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Export metadata |
RDF:
metadataDataEntryID113.rdf
XML: metadataDataEntryID113.xml Plain text: metadataDataEntryID113.txt |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cite Data EntryID 113
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, October 12). Data EntryID 113 (Pichia pastoris). https://doi.org/10.34619/23ya-5n95
|
|
MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 113 (Pichia pastoris)." 2024, https://doi.org/10.34619/23ya-5n95
|
|
ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 113 (Pichia pastoris). [online], [Accessed 12 October 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/23ya-5n95
|
|
BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID113,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 113 (Pichia pastoris)",
url = https://doi.org/10.34619/23ya-5n95",
doi = "10.34619/23ya-5n95",
note = "[Online; accessed 12-October-2024]"
}
|
Related Data: AccessID 55 | AccessID 57 | AccessID 114
Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-08-01 15:36:45 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:36 UTC
Version: 0
Status: (reviewed) 2018-08-01 15:37:19 UTC
Views: 189
Downloads: 52
Associated Models
Here we can find relevant models associated with Data EntryID 113:
Model EntryID |
Model name | Category | Model Type | Data used for | Access | Json |
---|
Associate models to data
- Several models can be associated.