Detail View - Data AccessID 81
General Information
Manuscript title | Division of labor by dual feedback regulators controls JAK2/STAT5 signaling over broad ligand range. |
PubMed ID | 21772264 |
Journal | Molecular Systems Biology |
Year | 2011 |
Authors | Julie Bachmann, Andreas Raue, Marcel Schilling, Martin E. Boehm, Clemens Kreutz, Daniel Kaschek, Hauke Busch, Norbert Gretz, Wolf D. Lehmann, Jens Timmer and Ursula Klingmueller |
Affiliations | Division of Systems Biology of Signal Transduction, DKFZ-ZMBH Alliance, German Cancer Research Center, Heidelberg, Germany |
Keywords | apoptosis, erythropoietin, mathematical modeling, negative feedback, SOCS, simulation and data analysis, signal transduction |
Full text article | Bachmann_2011.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Mus musculus |
Strain | E13.5 Balb/c |
Data type | enzyme/protein concentrations |
Data units | (a.u.) |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | batch | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | — | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | 4.0×10^7 (cells/L) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Cultivated for 12–14 h in IMDM (Invitrogen), 30% fetal calf serum (FCS), and 50 μM β-mercaptoethanol supplemented with 0.5 U/ml Epo (Cilag-Jansen). |
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General protocol information |
Measurement method:
immunoblotting |
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Methods description - Notes | Time course experiments, cell lysis and quantitative immunoblotting - erythroid progenitor cells were washed three times in medium and starved in Panserin 401 (Pan Biotech) supplemented with 50 µM ß-mercaptoethanol and 1 mg/ml BSA (Sigma-Aldrich) for 1 h. Subsequently, cells ... (4x10^7/ml) were stimulated with 5 U/ml Epo (Janssen-Cilag) at 37ºC and for each time point 0.5x10^7 CFU-E cells were lysed in 2 x lysis buffer (2% NP40, 300mM NaCl, 40mM Tris–HCl pH 7.4, 20mM NaF, 1mM EDTA pH 8.0, 2mM ZnCl2 pH 4.0, 1mM MgCl2, 2mM Na3VO4, 20% glycerol, 2 µg/ml aprotinin and 200 µg/ml AEBSF). Immunoprecipitation was performed by adding the respective antibody, Protein A or Protein G sepharose (GE Healthcare) and the corresponding calibrator protein GST-EpoR, SBP-JAK2, GST-STAT5b, SBP-CIS or SBP-SOCS3 to the lysates. Antibodies used were anti-EpoR M-20 (Santa Cruz), anti-JAK2 (Upstate/Millipore), anti-STAT5 C-17 (Santa Cruz), anti-SHP-1 C-19 (Santa Cruz), anti-CIS serum [1], anti-SOCS3 (Zymed) and for immunoblotting anti-pTyr 4G10 (Upstate/Millipore), anti-CIS N-19 (Santa Cruz) and anti-SOCS3 (Abcam) as well as secondary horseradish peroxidase coupled antibodies (anti-rabbit HRP, anti-mouse HRP, anti-goat HRP, protein A HRP; Amersham Biosciences). Sample loading on SDS–PAGE was randomized as described elsewhere [2]. Blots were developed using ECL Western Blotting Detection Reagents (GE Healthcare) and subsequently detected on a Lumi-Imager F1TM (Roche Diagnostics). Quantification was performed using the LumiAnalyst 3.1 software (Roche Diagnostics). Antibodies were removed by treating the blots with ß-mercaptoethanol and SDS as described previously [3]. ---------------------References------------------
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Data file |
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Alternative format(s) |
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Cite Data EntryID 81
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, November 21). Data EntryID 81 (Mus musculus). https://doi.org/10.34619/q4zs-y049
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 81 (Mus musculus)." 2024, https://doi.org/10.34619/q4zs-y049
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 81 (Mus musculus). [online], [Accessed 21 November 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/q4zs-y049
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BibTeX |
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Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2014-04-23 15:16:48 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:34 UTC
Version: 0
Status: (reviewed) 2018-07-07 21:38:44 UTC
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