Detail View - Data AccessID 58
General Information
Manuscript title | Dynamics and control of the central carbon metabolism in Hepatoma cells. |
PubMed ID | 20426867 |
Journal | BMC Systems Biology |
Year | 2010 |
Authors | Klaus Maier, Ute Hofmann, Mathias Reuss and Klaus Mauch |
Affiliations | Institute of Biochemical Engineering, University of Stuttgart, Allmandring 31, 70569 Stuttgart, Germany |
Keywords | Hepatoma Cells, in vivo Dynamics, Dynamic Model, Control |
Full text article | Maier_2010.pdf |
Project name | not specified |
Experiment Description
Organism | Homo sapiens |
Strain | HepG2 (ATCC number HB-8065) |
Data type | metabolites at steady-state |
Data units | (mmol/L) |
Execution date | not specified |
Experimental Details
Temperature (°C) | 37.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pH | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Carbon source | glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Culture mode | batch | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Process condition | aerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dilution rate (h⁻¹) | — | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Working volume (L) | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biomass concentration (g/L) | not specified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Medium composition | Alanyl-glutamine-free William's medium E (PAN Biotech GmbH) that was supplemented with penicillin (100 U/mL), streptomycin (100 mg/mL), and Gibco Insulin-Transferrin-Selenium (100X) supplement (Invitrogen, Karlsruhe, Germany). |
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General protocol information |
Sampling method:
Removal of cell culture medium by suction (5 seconds). Quenching procedure: hot air Extraction technique: hot water Sample analyzing method: GC-MS, LC-MS, HPLC-UV/RI |
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Methods description - Notes | Extra- and intracellular samples were collected in triplicate directly before and after the stimulus, as well as 1, 2, 5, 10, 30, 60, 120, and 180 min after glucose deprivation. The sampling approach and the processing of the samples were done as previously described [1]. ... r />The concentrations of Lanine, serine, glucose, lactate, pyruvate, fumarate, malate, cis-aconitate, isocitrate, and citrate were determined by GC-MS as described before [1,2]. After glucose deprivation, extracellular glucose concentrations were determined in 10 μl of diluted (1:9 v/v) medium samples, the intracellular glucose concentrations before and after perturbation were determined in 5 and 50 μl of cell extract, respectively. Phosphoenolpyruvate, 3-phosphoglycerate, dihydroxyacetonphosphate, fructose-1,6-bisphosphate, glucose-6-phosphate, 6-phosphogluconate, sedoheptulose-7-phosphate, ribose-5-phosphate, and ribulose-5-phosphate were determined by LC-MS-MS as described by Hofmann [1] with the following modifications: HPLC separation was performed at 20 °C on a Synergi Hydro-RP column (150 × 2 mm, 4 μm; Phenomenex, Aschaffenburg, Germany) at a flow rate of 0.2 ml/min. Nucleotide analysis was performed by reversed phase ion pair high performance liquid chromatography. The HPLC system (Agilent Technologies, Waldbronn, Germany) consisted of an Agilent 1200 series autosampler, an Agilent 1200 series Binary Pump SL, an Agilent 1200 series thermostatted column compartment, and an Agilent 1200 series diode array detector set at 260 and 340 nm. The nucleotides were separated and quantified on an RP-C-18 column that was combined with a guard column (Supelcosil LC-18-T; 15 cm × 4.6 mm, 3 μm packing and Supelguard LC-18-T replacement cartridges, 2 cm; Supelco, Bellefonte, USA) at a flow rate of 1 ml/min. -----------References-----------
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Data file |
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Cite Data EntryID 58
APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, November 21). Data EntryID 58 (Homo sapiens). https://doi.org/10.34619/054k-yg38
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MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 58 (Homo sapiens)." 2024, https://doi.org/10.34619/054k-yg38
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ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 58 (Homo sapiens). [online], [Accessed 21 November 2024]. Available from: https://doi.org/10.34619/054k-yg38
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BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID58,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 58 (Homo sapiens)",
url = https://doi.org/10.34619/054k-yg38",
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note = "[Online; accessed 21-November-2024]"
}
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Related Data: AccessID 82
Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2013-06-06 13:47:09 UTC
Updated: 2020-04-24 16:10:32 UTC
Version: 0
Status: (reviewed) 2013-12-06 17:17:38 UTC
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